تعرض مسجد الرفاعى الأثرى للسرقة، حيث استطاع مجموعة من اللصوص التسلل داخل المسجد، وسرقة أجزاء من الزخارف النحاسية الموجودة على مقبرة الملك فاروق. السرقة تمت بطريقة بدائية جدا، حيث تسلل اللصوص داخل المسجد، وجلسوا فى قاعة من قاعاته، والتى كانت تشهد وقتها إقامة عقد قران، وحسب رواية أحد العاملين بالمسجد، فإن اللصوص قاموا بتخدير حراس الأمن، وموظفى وزارة الأوقاف عن طريق إعطائهم وجبات غذائية بها مخدر، وأخبروهم أنها وجبات تابعة "لعقد القران"، وبعد أكلها تخدر العمال، وقام اللصوص بسرقة أجزاء من المقبرة الموجودة داخل المسجد. ويذكر أن مسجد الرفاعي أحد مساجد القاهرة الأثريّة، شيد عام 1329 هجرية الموافق لعام 1911 ميلادية.