يتنافس محمد مرسي مرشح جماعة الإخوان المسلمين المحسوب على الثورة وأحمد شفيق آخر رئيس وزراء في عهد الرئيس المخلوع حسني مبارك، في الدورة الثانية من الانتخابات الرئاسة في 16 و17 حزيران/يونيو. وواشنطن التي تتوخى الحذر، وتؤكد أنها لا تريد التدخل في الشؤون الداخلية المصرية، حرصت حتى الآن على عدم دعم أي من المرشحين. وقال ناتان براون الخبير في شؤون الشرق الأوسط في جامعة جورج واشنطن لفرانس برس إن واشنطن "ستكون على الأرجح مرتاحة أكثر مع شخص مثل شفيق". وأضاف "لكن الولايات المتحدة تخشى من فوضى سياسية قد يتسبب بها على الأرجح فوز شفيق". وشفيق، الذي يعتبره ناخبون، كالشخصية التي أعادت النظام الذي كان قائما قبل الثورة، يراه بعض الذين شاركوا في حركة الاحتجاج التي أطاحت الرئيس مبارك في شباط/فبراير 2011، بأنه مرشح غير شرعي بحسب براون. ويؤكد الخبير أن شفيق في حال فوزه "لن يكون متعاونا مع الولايات المتحدة بقدر ما كان عليه مبارك، لأنه سيكون أضعف من الرئيس السابق على المستوى الداخلي". وأضاف الخبير أنه بالنسبة إلى إدارة أوباما، يثير كل من مرسي وشفيق "مشاعر بالقلق لجهة عواقب الانتخابات على مصر والعلاقات الأميركية-المصرية". وكان في إمكان الولايات المتحدة أن تعتمد على مبارك في مفاوضات السلام بين الإسرائيليين والفلسطينيين، وكان الرئيس المصري السابق قبل التعاون مع (إسرائيل) رغم العلاقات المتوترة مع هذا البلد. كما أرسل مبارك قوات إلى العراق لدعم قوة التحالف خلال حرب الخليج في 1991. وعمل بشكل وثيق مع واشنطن في حملة مكافحة الإرهاب وعارض النفوذ الإيراني في المنطقة. على عكس ذلك، لطالما كان الإخوان المسلمون وواشنطن على خلاف حول إيران، والتعاون في المجال الأمني و"الوجود العسكري الأميركي في المنطقة وخصوصًا حول (إسرائيل)" حليفة واشنطن بحسب براون. وأضاف الخبير أنه في حال فوز مرسي "لا شك في أن تعاونا وثيقا بين (إسرائيل) ومصر حول الأمن سيكون مستبعدا". من جهتها قالت مارينا اوتاواي المحللة في مركز "كارنيغي انداومنت فور انترناشونال بيس" للأبحاث إن "السلام البارد بين مصر (وإسرائيل) (في عهد مبارك) سيصبح أكثر برودة في حال فوز الإخوان المسلمين". وأضافت أنه إذا تبين أن واشنطن تدعم أحمد شفيق هذا قد يعني أن الولايات المتحدة "ما زالت تدعم النظام السابق، وقد يقوّض ذلك صورة الأميركيين، ليس فقط في مصر، بل في كل العالم العربي". وخلصت إلى القول "اعتقد أن علاقة (مصر) مع الولايات المتحدة ستصبح أكثر صعوبة بغضّ النظر عن الفائز" في الانتخابات المصرية. من جانبه قال ستيفن كوك من مجلس العلاقات الخارجية، وهو مركز أبحاث، "لا اعتقد أن واشنطن ميالة في الحقيقة إلى أي من المرشحين". مضيفا "وإن كانت هذه الحالة فلن يقول الأميركيون ذلك علنا". وأوضح "تأمل الولايات المتحدة في أن تتمكن من العمل مع الرئيس الجديد أيا كان. لكن الأمر سيكون صعبا".