لم يحل إعتقاله في سجون الاحتلال دون انتخاب العلامة الدكتور مصطفى شاور رئيسا لرابطة علماء فلسطين خلفا للشيخ حامد البيتاوي -رحمه الله-. الإعلان عن تسلم شاور لهذا المنصب الهام والحساس جاء من داخل أسوار المسجد الأقصى المبارك، وتحديدا خلال إحياء مئات الآلاف لليلة القدر فجر أول أمس الثلاثاء (14/8). وفي بيان صادر عنها، وصل "فلسطين الآن" نسخة منه، قالت الرابطة إنه "بعد مشاورات مطولة اتفق أعضاء رابطة علماء فلسطين على اختيار الشيخ الداعية الدكتور مصطفى شاور رئيسا لرابطة علماء فلسطين خلفا لرئيسها الراحل الشيخ حامد البيتاوي، الذي وافته المنية يوم الأربعاء الرابع من نيسان 2012 م رحمه الله تعالى رحمة واسعة". ويعمل العلامة شاور محاضراً جامعياً في كلية الشريعة بجامعة الخليل منذ عام 1986، وشارك في العمل السياسي والجهادي ضد الاحتلال وسياساته القمعية من الاستيطان والجدار والقمع، فاعتقل عدة مرات، كما أبعد إلى مرج الزهور مع إخوانه قادة العمل الإسلامي في فلسطين سنة 1992- 1993. واعتقل الشيخ شاور عدة مرات من قبل قوات الاحتلال، كان آخرها يوم الأربعاء الموافق 16/9/2010، وما زال معتقلا حتى الآن.