قال البابا الجديد للاسكندرية تواضروس الثاني أن الكنيسة القبطية لا تخشى صعود الإسلاميين إلى الحكم. وأشار إلى أن الكنيسة تعتز بالرئيس محمد مرسي كأول رئيس مدني منتخب، معتبراً أنه لايمكن تقييم حكمه خلال الأشهر القليلة الماضية، لأنها فترة قصيرة جداً، ولكننا نأمل أن يقود البلاد في مشروع نهضة حقيقية حيث يشعر المصريون بهذه النهضة على أرض الواقع وليست نهضة ورقية. وأعلن البابا في تصريحات صحافية أمس الثلاثاء 6/11/2012 أنه سيواصل اعتماد نهج البابا الراحل شنودة في رفض زيارة الأقباط للقدس المحتلة "إلا بصحبة الاخوة المسلمين بعد تحريرها". وبالنسبة للجدال الحاد الذي تشهده الساحة المصرية حاليا بشأن مسودة الدستور، قال البابا تواضروس الثاني إنه لم يقرأها، وأن كل ما يطالب به الأقباط هو المواطنة الحقيقية. وأشار إلى أن الأقباط يعانون من التهميش، ولم يستبعد أن يكون للكنيسة توجه رئاسي بالرغم من أنها مؤسسة روحية أولاً وأخيراً.