نفى أبو عبيدة الناطق باسم كتائب القسام ما أوردته "صحيفة القدس العربي" نقلاً عن مصادر مجهولة، تحدثت عن موقف كتائب القسام مما يجري في سوريا، وإرسالها رسالة للمكتب السياسي للحركة بهذا الخصوص. وقال أبو عبيدة في تصريح لموقع القسام الأربعاء: "هذا الخبر لا أساس له من الصحة جملةً، وبالتالي فلا ننوي الخوض في مناقشة ما ورد فيه من تفاصيل". وأكّد ابو عبيدة أنّ الموقف السياسي تعبّر عنه القيادة السياسية للحركة، " وهي قيادة تمثّل الحركة بكل أجهزتها، وعليه فلا حاجة للجناح العسكري للحركة أن يوضح موقفه في قضايا سياسية يعرف الجميع موقف الحركة منها. وكانت صحيفة القدس العربي نقلت عما أسمته "مصدر خاص ومطلع" أن خلافاً نشب بين كتائب القسام والقيادة السياسية في حركة حماس حول الموقف من سوريا وإيران وحزب الله، وأن الخلاف وصل حد إرسال رسالة لمشعل يستهجنون فيه موقفه المعارض لإيران وحزب الله.