دعت هيومن رايتس ووتش الحكومة التي نصبها الجيش في مصر إلى إنهاء "إجراءاتها التعسفية" بحق وسائل الإعلام وجماعة الإخوان المسلمين والكشف عن مصير الرئيس المعزول محمد مرسي. وقالت المنظمة الحقوقية إن الرئيس المعزول يحتجز مع عشرة أشخاص من فريقه بمعزل عن العالم، ودون تمكينهم من التواصل مع ذويهم أو مع محامين. واستنكرت المنظمة عدم كشف الجيش عن أماكن احتجاز مرسي وفريقه، وأشارت إلى أنه لم يوجه إليهم أي اتهام، ولم يعرضوا على القضاء. وقالت المنظمة إنه بعد دقائق من إعلان الفريق عبد الفتاح السيسي عزل الرئيس مرسي وتعطيل الدستور أظلمت شاشة قناة مصر 25 التابعة للإخوان المسلمين واعتُقل الصحفيون. وأضافت المنظمة في تقرير لها أن السلطات قامت مباشرة بعد البيان باحتجاز قادة الإخوان لمجرد انتمائهم للجماعة، كما أغلقت مقار الجماعة وقنوات أخرى متعاطفة معها، حسب تقرير المنظمة. وبحسب المنظمة فإن مصر في أمس الحاجة إلى تحقيق العدالة، لكنها شددت على ضرورة أن تكون التحقيقات مستقلة عن أي تدخل سياسي أو مظهر من مظاهر الانحياز. كما أكدت في تقريرها أنه لا بد من محاسبة أي شخص ارتكب جرائم، سواء كان من الجيش أو الشرطة أو الإخوان. وكانت منظمة العفو الدولية من ناحيتها قد أدانت في وقت سابق "قمع" أنصار مرسي و"الموجة الجديدة من الاعتقالات" في صفوف قادة جماعة الإخوان المسلمين، ومداهمة مقار وسائل الإعلام. ووفق حسيبة حاج صحراوي نائبة مدير برنامج الشرق الأوسط وشمال أفريقيا بمنظمة العفو الدولية فإن تلك الحوادث تعيد إلى الأذهان "السجل الرديء الذي يمتلكه الجيش (المصري) في مجال حقوق الإنسان". وأضافت صحراوي أنه "يجب أن تتوقف قوات الجيش والأمن فوراً عن استخدام الذخيرة الحية" ضد المتظاهرين السلميين.