نفت النيابة العامة المصرية، أن تكون قد بدأت التحقيقات مع محمد مرسي، في قضية هروب السجناء من سجن وادي النطرون ، يوم 28 يناير / كانون الثاني 2011 . وكان عدد من وسائل الإعلام، قد نشر أنباء عن انتقال فريق من نيابة أمن الدولة لبدء التحقيق مع مرسي في قضية هروب السجناء من سجن وادي النطرون أثناء أحداث ثورة 25 يناير . وقال مكتب النائب العام المصري إن النيابة العامة لم تفتح التحقيق فى أي من الاتهامات الموجهة لمحمد مرسي، وأن تلك الاتهامات مازالت عبارة عن بلاغات يجري حاليا فحصها للتأكد من صحتها. وكانت النيابة العامة، قد تلقت في الأيام الماضية العديد من البلاغات من عدد من المحاميين، تتهم مرسي ، بالتخابر مع جهات أجنبية والتآمر مع عناصر من حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني لتهريبه مع 33 من قيادات جماعة الإخوان المسلمين من سجن وادي النطرون. وأوضحت النيابة العامة، أن نيابة أمن الدولة تسلمت أوراق قضية هروب سجناء سجن وادي النطرون من مكتب النائب العام وبدأت الإجراءات القانونية اللازمة والاطلاع عليها، وفحص ما ورد بها من معلومات واتهامات لقيادات جماعة الإخوان المسلمين. يأتي ذلك بعد يوم من إعلان النيابة العامة عن إجراء تحقيقات موسعة في عدد من البلاغات التي تتهم الرئيس "المعزول" محمد مرسي، وعدد من قيادات جماعة "الإخوان المسلمين"، بارتكاب جرائم منها "التخابر"، و"قتل المتظاهرين."