دعا المجلس الثوري لحركة "فتح" حركة المقاومة الإسلامية (حماس) "لوقف تدخلاتها بالشأن المصري، وعدم الزج بالشعب الفلسطيني بالوضع الداخلي للدول العربية على خلفية الولاء لحركة الإخوان المسلمين". وقال المجلس في بيانه الختامي، الصادر عن دورته العادية الثانية عشرة، ليل الخميس: "إن إرادة الشعب المصري قد تجلت من جديد في أضخم تجمع بشري تاريخي في ثورة 30 حزيران، وعبّر جيشه عن دوره الوطني والقومي كصمام أمان". وأضاف "نثق بقدرة مكونات المجتمع السياسي المصري على الحوار لتنفيذ خارطة المستقبل بما يمكن من بناء نظام ديمقراطي يمثل إرادة المصريين ويؤثر في مستقبل المنطقة، دون أي تدخل خارجي". وفي الشأن الداخلي الفلسطيني، رفض المجلس كلياً أي حلول انتقالية أو مؤقتة، ومنها الدولة ذات الحدود المؤقتة، أو ما أسماها "دولة غزة الموسعة" على حساب أراضي سيناء المصرية، مديناً "كل من تساوق أو يتساوق مع أي من تلك الحلول"، داعياً حركة حماس "على نحو خاص لإعلان رفضها لذلك". وأعرب المجلس عن رفضه توجيه أي ضربة إلى سورية، "والتي ستعمّق أزمتها ولن تحلها، وتزيد دماره ولن تعمره"، مديناً استخدام السلاح الكيماوي من أي كان وفي أي مكان، داعياً إلى "تشجيع وتسريع الحل السياسي السلمي وتأييده على ما سواه". ودعمت حركة التحرير الوطني الفلسطيني (فتح) التي يتزعمها رئيس السلطة محمود عباس الانقلاب العسكري في مصر، وشارك بعض رموزها في التظاهرات التي سبقت الانقلاب في 3 يوليو، كما زار رئيس السلطة محمود عباس القاهرة عقب الانقلاب والتقى الرئيس المعين من الجيش. في المقابل، شددت حركة المقاومة الإسلامية (حماس) على عدم تدخلها في الشئون الداخلية للدول العربية، مستهجنة اتهام الرئيس المصري محمد مرسي بـ"التخابر" مع الحركة. وخرجت مسيرات في الضفة الغربية لتأييد الانقلاب العسكري في مصر بدعوة من حركة فتح، وخاصة بعد مجزرتي رابعة العدوية والنهضة، فيما خرجت مسيرات في قطاع غزة بدعوة من حركة حماس لرفض المجازر بحق المدنيين السلميين في مصر.