اتفقت الفصائل الفلسطينية على احترامها لقرار الشعب المصري وتأيدها لخياره، وقالت حركة حماس إن فوز مرسي نقطة تحول تاريخية في تاريخ مصر والأمتين العربية والإسلامية، وأكدت فتح على احترامها لقرار الشعب المصري. اعتبر د.محمود الزهار القيادي البارز في حركة "حماس" ان فوز مرشح جماعة الإخوان المسلمين محمد مرسي برئاسة مصر "لحظة تاريخية وانتصار كبير". وقال الزهار في تصريح صحفي عقب إعلان نتائج لجنة الانتخابات المصرية "هذه لحظة تاريخية ومرحلة تاريخية جديدة في تاريخ مصر ستصحح الـ40 عاما السابقة. هذه هزيمة لبرنامج التطبيع مع العدو ولبرنامج التعاون الأمني مع العدو وبيع مقدرات مصر للعدو". من جانبه، قال الناطق باسم الحركة سامي أبو زهري:"إن حركة حماس تعبر عن سعادتها بهذه النتائج وتهنئ الشعب المصري والدكتور محمد مرسي بهذا الفوز". وأضاف أبو زهري "هذه النتائج تكريس لإرادة الشعب المصري وانتصار للثورة المصرية، وحركة حماس تهنئ الشعب المصري والدكتور محمد مرسي بهذه النتائج، وتعتبر ذلك نقطة تحول في تاريخ مصر والمنطقة بشكل عام". وبارك الدكتور محمد عوض وزير الخارجية نجاح العرس الديمقراطي الذي يؤثر بالمحيط العربي والإسلامي كما هو مؤشر واضح لنجاح الديمقراطية بالمناطق المحيطة بمصر. وتابع:" إن نجاح مرسي له تأثير مباشر على الشعب الفلسطيني والقضية،ـمتوقعا حصول تقدما على صعيد القضية الفلسطينية بعد فوز مرسي برئاسة مصر. وقال:" نريد من رئيس مصر الجديد مرسي أن يحقق إرادة الشعب المصري وينهي حصار غزة". في السياق، أكدت حركة فتح عن أنها مع خيار الشعب المصري ، متمنيه أن تعود مصر لأخذ دورها الطليعي في قيادة الأمة العربية. وقال أمين مقبول القيادي في حركة فتح: "نحن نتمنى للشعب المصري كل التوفيق والاستقرار وما يقبله الشعب المصري نحن معه، وأن تأخذ دورها الطليعي في قيادة الأمة العربية، وان تتوحد صفوف المصريين في مواجهة التحديات وخاصة أمام العدوان الصهيوني المتواصل بحق شعبنا الفلسطيني". وأعلن فاروق سلطان رئيس اللجنة العليا لانتخابات الرئاسة المصرية فوز المرشح الإخواني محمد مرسي بمنصب رئيس الجمهورية بفارق طفيف عن منافسه أحمد شفيق.