دافعت الجامعة الإسلامية في غزة عن حقها في الحصول على مقعد في منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة "اليونسكو" ، مؤكدة أن الاحتلال لا يريد التقدم والتطور لأي مؤسسة فلسطينية ، مشددة على عزمها الاستمرار في مسيرتها نحو التميز والتقدم والازدهار . وأكدت مصادر دبلوماسية "إسرائيلية أنها ستقوم بتقديم رسالة احتجاج إلى مكتب مديرة اليونسكو مرفقة بمعلومات واسعة توضح "صلة الجامعة الإسلامية في غزة بحركة حماس وخاصة دعمها لذراعها العسكري . وكان الاحتلال اتهم كلية الهندسة الكيميائية في الجامعة الإسلامية تخريج الكثير من المهندسين الذين وضعوا أنفسهم في خدمة الجناح العسكري لحماس وساعدوا في إنتاج صواريخ وعبوات. وأكد رئيس مجلس أمناء الجامعة الإسلامية المهندس جمال الخضري - في تصريح خاص لموقع "[color=red]فلسطين الآن[/color]" الإخباري صباح الخميس 12-7-2012م - أن الجامعة الإسلامية هي جامعة لكل الفلسطينيين ولا علاقة لها إلا بالتعليم وما ينفع الشعب الفلسطيني ، مشدداً على أن الجامعة مشهود لها بدورها الأكاديمي والتعليمي المتميز . واتهم الخضري الاحتلال الصهيوني بعدائه للنجاح والتقدم والتطور وممارسته للإرهاب ضد الشعب الفلسطيني ومؤسساته الفاعلة ، وقال :" الاحتلال لا يترك أي مؤسسة فلسطينية ناجحة ومتميزة إلا وينعتها بالإرهاب"، موضحاً أن الجامعة تتمتع بعلاقات واسعة مع الجامعات العربية والعالمية والأوروبية . وحول رد الجامعة على اتهامات الاحتلال شدد الخضري على أن الرد سيكون باستكمال مسيرة العلم ، وقال:" نحن لا نأبه لأكاذيب الاحتلال وسنواصل العمل لخدمة شعبنا وأبنائنا الطلبة ".