أدان شيخ الأزهر الدكتور "أحمد الطيب" اقتحام جنود الاحتلال الإسرائيلي باحات المسجد الأقصى المبارك، وتفريق المصلين بالقوة وبقنابل الغاز. وحذّر شيخ الأزهر- في بيان أصدره الجمعة 05/10/2012- من أن استمرار (إسرائيل) في هذه السياسة " يؤسس لوضعٍ خطير يجر المنطقة برمتها إلى حالة صراع ديني، وينذر بإشعال حروب جديدة، تتحمل (إسرائيل) المسؤولية الكاملة عنها . وقال الطيب :"إن مدينة القدس، وعلى رأسها المسجد الأقصى المبارك، خط أحمر لا يمكن تجاوزه، وأن أي اعتداء سيهدد حتما الأمن والاستقرار، ليس في المنطقة فحسب بل في العالم أجمع". وأضاف "على (إسرائيل) أن تدرك أن الأقصى هو من أقدس مقدساتنا العربية والإسلامية، ولا يمكن المساس بحرمته بأي حال من الأحوال". كما حذّر من أن تصاعد هذه الانتهاكات والمخططات العدوانية التي تستهدف الأقصى يستفز مشاعر مليار ونصف مليار مسلم. وطالب المجتمع المسلم والمجتمع الدولي بضرورة التدخل الفوري لوقف هذه الانتهاكات، والعمل على حماية القدس، باعتبارها تراثاً إنسانياً حضارياً إسلامياً ومسيحياً على السواء. وناشد شيخ الأزهر "أحرار العالم" أن يناصروا الحق العربي في تحرير القدس وفلسطين . ودعا من وصفهم بـ"عُقلاء اليهود" للاعتبار من التاريخ الذي شهد على اضطهادهم في كل مكان حلوا به إلا ديار الإسلام وحضارة المسلمين.