اتفق الرئيس المصري محمد مرسي خلال لقاء السبت 13/10/2012 مع النائب العام عبدالمجيد محمود على أن يبقى الأخير في منصبه لتنتهي الأزمة التي فجرها قرار الرئاسة المصرية الخميس بإقالته، بحسب ما أعلن النائب العام المساعد عادل السعيد للصحفيين. وقال السعيد إن اللقاء بين مرسي ومحمود انتهى باتفاق على أن "النائب العام باق في موقعه، إذ كان هناك سوء فهم بشأن تعيينه سفيرا لمصر لدى الفاتيكان". وكانت رئاسة الجمهورية أعلنت الخميس "تعيين النائب العام سفيرا لمصر لدى الفاتيكان" ما يعني إقالته من منصبه. ورد عبدالمجيد محمود بعد بضع ساعات ببيان أعلن فيه أنه "باق في عمله طبقا لقانون السلطة القضائية" الذي لا يتيح للسلطة التنفيذية بعزل أو إقالة النائب العام. وأدى قرار رئاسة الجمهورية إلي أزمة بين مرسي والقضاة الذين اعتبروا أن قرار الرئيس المصري تدخل غير مقبول في شؤون السلطة القضائية. وجاء قرار إقالة محمود غداة حكم محكمة جنايات القاهرة الأربعاء ببراءة جميع المتهمين في القضية المعروفة إعلامية بـ"موقعة الجمل" التي كان متهما فيها عدد من كبار المسؤولين في النظام السابق. والنائب العام متهم من قبل ناشطين "ثوريين" ومن جماعة الإخوان بإخفاء وطمس الأدلة في قضايا قتل المتظاهرين وهو ما ينفيه بشدة.