وجه مسئول أمني إسرائيلي تهديدًا مباشرًا للمقاومة الفلسطينية، إذا أقدمت على استهداف القطار السريع الذي أقامته حكومة الاحتلال بالنقب جنوب فلسطين المحتلة. وحسبما نقل موقع "والا" العبري عن مسئول أمني رفيع لدى الاحتلال، قوله: "حادث من هذا النوع واستهداف القطار سيجر رداً قاسياً جداً من الجيش". وأورد الموقع العبري ترجيح أجهزة الاحتلال لنشر كتائب القسام الجناح العسكري لحركة "حماس" فيديو استهداف القطار، لا يتعدى الحرب النفسية على "إسرائيل". وأوضح الموقع أن مسئولين داخل أجهزة الاحتلال الأمنية عقبوا على الفيلم الذي بثته كتائب القسام ويُظهر تعقّب الفلسطينيين من القطاع للقطار بالقول:" استهداف القطار بصاروخ مضاد للدروع سيكون قاتلاً، لكن لدينا رداً عملياتياً على هذا التهديد". وحسب التقرير المنشور على موقع "والا" فإن الفيديو أثار نقاشاً بشأن الخطر المحتمل للمسافرين، حيث يدركون في "الأجهزة الأمنية" السهولة التي تكمن في استهداف القطار بواسطة صاروخ مضاد للدروع والذي يملكه المقاومون، لكن أجهزة الاحتلال تقلل من تلك المخاوف وبأن تلك التهديدات تم أخذها بالحسبان عندما أًنشأ هذا الخط. ولفت التقرير أن اختلافات في الآراء نشبت حول إقامة خط السكة الحديد، خاصة مع قدرة المقاومة على استهدافه، فبعض قادة الاحتلال دعا إلى إقامة خط السكة من عسقلان إلى سديروت وأوفكيم بالمنطقة الحساسة الحالية وآراء أخرى دعت إلى إبعاد الخط عن المدى الفعال للصواريخ وعن خط نظر المنظمات المقاومة الفلسطينية، حيث تقرر في النهاية ووفقاً لإمكانيات الجيش و"الأجهزة الأمنية" الإسرائيلية أن يتم إنشاء الخط في المسار الحالي، وفي حال تدهور الوضع الأمني- سيتم إتخاذ القرارات المناسبة بما فيها وقف عمل القطار.