حسمت لجنة "نظام الحكم" في الجمعية التأسيسية لوضع الدستور الجدلَ الدائر حول حق إعلان الحرب، ومنحته للرئيس بعد موافقة مجلس الشعب، واعتبار رأى مجلس الدفاع الوطني استشارياً، ونصت المادة المقترحة على أن "يتخذ رئيس الجمهورية قرار الحرب بعد العرض على مجلس الدفاع الوطني وموافقة مجلس الشعب". وقال "صلاح عبدالمعبود"- عضو اللجنة- إنه جرى الاتفاق على :"استبعاد شرط موافقة المجلس العسكري تماماً"، وموافقة مجلس الدفاع الوطني كما كان مقترحاً من ممثلي القوات المسلحة، والاكتفاء بأخذ رأى الأخير، والاتفاق على ألا يكون رئيس الجمهورية رئيساً للمجلس الأعلى للشرطة مع الاتجاه لإلغاء المجلس، الأمر الذي لم يحسم بعد. وأوضح عبدالمعبود في تصريحات له، الأربعاء 29/8/2012م، إن الأعضاء اقترحوا استبدال النص الخاص بإنشاء المجلس الأعلى للقوات المسلحة، بعبارة "ينشأ مجلس أعلى للقوات المسلحة يحدد القانون تشكيله واختصاصاته"، ولفت إلى أن اللواء "ممدوح شاهين"- عضو المجلس العسكري- اعترض على الاقتراح، وطالب بأن يكون المجلس برئاسة وزير الدفاع . وقال المستشار "نورالدين على"- عضو الجمعية- إن اللجنة :"انتهت من إعداد نص دستوري جديد يلزم البرلمان بإعداد التشريعات اللازمة للعدالة السريعة"، فضلاً عن إعداد حزمة من التشريعات الجديدة لتتماشى مع مواد الدستور الجديد، كما انتهت من صياغة الأجزاء الخاصة بالقضاة، واستقرت على استقلالية القضاة وعدم وجود سلطان عليهم إلا للقانون، مشيراً إلى أن أبرز القوانين التي تحتاج إلى تعديلات في المرحلة المقبلة، قوانين "مباشَرة الحقوق السياسية، والرئاسة، ومجلسي الشعب والشورى، والهيئات القضائية الذي يتضمن النيابة الإدارية، وقضايا الدولة، والمرافعات والإجراءات الجنائية". وأكد الدكتور "محمد محسوب"- وزير شئون مجلسي الشعب والشورى- النية لسن تعديلات تشريعية واسعة بعد إعداد الدستور وانتخاب مجلس الشعب، وقال إن من مهامه المكلف بها في وزارته :"متابعة تنفيذ المؤسسات الدستورية وإعداد حزمة التشريعات التي ينص عليها الدستور الجديد، وتطبيق مواده"، لافتاً إلى أن "جنوب أفريقيا" بعد أن أعدت دستورها خصصت وزيراً لهذا الهدف.