كشفت تقارير بيئية وصحية، تم تقديمها لما يسمى بالإدارة المدنية التابعة لجيش الاحتلال في الضفة الغربية، ولوزارة حماية البيئة في "إسرائيل"، أن ثلثي محطات التنقية التابعة للمستوطنات في الضفة الغربية، غير صالحة للإستعمال، أو أنها متوقفة عن العمل، الأمر الذي يؤدي إلى تلويث خطير للبيئة وللمياه الجوفية في المنطقة. ورغم اعتراف "وزارة حماية البيئة الإسرائيلية" بهذه الحقائق في تقريرها إلا أن الجهات الإسرائيلية، تتجاهل ذلك وتعتبر المدن والقرى الفلسطينية "الخطر الأكبر على البيئة، ومصادر المياه" كما ورد في ذات التقرير. ويعود تاريخ هذه التقارير الصادرة عن وحدة البيئة التابعة لسلطة حماية الطبيعة والحدائق، إلى العام الماضي 2012، وشملت جميع محطات التنقية، وأماكن تجميع النفايات التابعة للمستوطنات والمناطق القريبة منها، والحديث يدور وفقاً لتقرير نشرته صحيفة "هآرتس" بهذا الشأن عن أكثر من 150 نقطة استيطانية، تضم حوالي 350 ألف مستوطن، وأن أغلب هذه البقايا عبارة فضلات منزلية وليست صناعية. ووفقاً لهذه التقارير فإن سكان المستوطنات المقامة في الضفة تلقي ما مقداره 17.1 مليون متر مكعب من الفضلات، وأن أغلبها يتم تحويله الى محطات التنقية، في حين يتسرب أكثر من 2.2 مليون كوب، عبر الأودية والقنوات الخارجية، تذهب إلى جوف الأرض دون أن تمر على محطات التنقية. وتبين أيضاً أنه وبسبب الإعطال في محطات التنقية، فإن الفضلات التي تُمررُ اليها، تتسبب هي الأخرى بالتلوث، حيث أظهر التقرير أنه ومن بين الـ 54 محطة تنقية تعتبر صالحة للاستعمال فإن 39 منها لا تعمل حسب المطلوب، وهي معدّة بالأصل لمعالجة 28% من فضلات سكان المستوطنات. ويشير التقرير على سبيل المثال الى أن فضلات مستوطنة "يتسهار" المقامة على أراضِ محافظة نابلس، ويقطنها أكثر من 1000 مستوطن، لا تمر بمحطات التنقية، ويتم تسريبها إلى المناطق المجاورة من خلال خمس نقاط مختلفة، علماً أن هناك محطة تنقية معطلة ومتوقفة عن العمل موجودة شرق المستوطنة. وقالت صحيفة "هآرتس" في تقريرها بأن جولة في مستوطنة "آفني حيفتس" المقامة على أراضِ محافظة طولكرم، أظهرت أن فضلات هذه المستوطنة، لا تمر بأي محطة تنقية، ويتم تسريبها بصورة إجمالية إلى الأودية المحيطة، وأن محطة التنقية الموجودة في المستوطنة، متوقفة عن العمل ومعطلة منذ سنوات، وكذلك الحال بالنسبة لفضلات البؤرة الاستيطانية المجاورة لها التي تضم 20 كرفاناً. وفي مستوطنة "القنا" التي يقطنها 4000مستوطن، فإن الفضلات تتسرب من محطات التنقية إلى الوادي القريب، الذي يؤدي إلى مياه خزان "اليركون" الجوفي الذي يعتبر أكبر خزان مياه جوفي في الضفة. وتشير صحيفة "هآرتس" إلى أن تقارير البيئة الإسرائيلية، ورغم كل هذه الحقائق سالفة الذكر، تذهب بصورة معاكسة لتُدين الفلسطينيين وتحملهم مسؤولية التلوث البيئي، حيث خرج التقرير بنتيجة تقول بأن "الخطر الأكبر على البيئة، ومصادر المياه، مصدره المدن والقرى الفلسطينية، حيث لا يوجد فيها محطات تنقية، ويتم تسريب فضلاتها عبر الأودية المجاورة" حسب التقرير!