قال مصدر مصري :"إن المجلس الأعلى للقوات المسلحة المصرية لن يسمح بأن يقوم رئيس الدولة المدني باختيار القائد العام للقوات المسلحة". ونقلت صحيفة "المصري اليوم" المصرية اليوم الأحد9/10، عن المصدر الذي وصفته بـ"المطلّع وبالمقرب من المجلس العسكري" قوله :"إن هذا الأمر يمثل معركة الجيش المقبلة والحقيقية عند وضع الدستور، لأنه سيحرص على استقلاليته مهما حدث". وشدَّد المصدر على أن الجيش سيحافظ على استقلاليته، "التي تسمح له باختيار قادته وتنظيم إدارته الداخلية بعيداً عن مؤسسة الرئاسة المدنية"، لافتاً إلى أن ذلك يمثِّل "قاعدة تم إرساؤها في مصر منذ ثورة يوليو/تموز 1952، وساعد في تأكيدها أن رؤساء مصر الثلاثة السابقين كانوا عسكريين فلم تكن هناك مشكلة، لكن وجود رئيس مدني يعنى حماية الجيش من أهواء السياسيين والحكام". ويُذكر أن وضع القوات المسلحة في الدستور الجديد المزمع إعداده عقب الانتخابات النيابية القادمة، يثير جدلاً منذ أن أرسل المستشار "هشام البسطويسي" نائب رئيس محكمة النقض وأحد المرشحين المحتملين لرئاسة الجمهورية قبل عدة أشهر، مذكرة للمجلس الأعلى للقوات المسلحة أعلن فيها رؤيته كرجل قضاء لوضع الجيش بالدستور والدولة الجديدة، وحملت الرؤية عنوان (القوات المسلحة ومجلس الدفاع الوطني)، قال فيها :"إن الجيش حامي الدولة المدنية". وترفض عدة تيارات وقوى سياسية إدارة المجلس الأعلى للقوات المسلحة إدارة شؤون البلاد منذ نجحت الثورة المصرية في إجبار الرئيس السابق "حسني مبارك" على ترك الحكم، وتطالب بتسليم السلطة إلى مجلس رئاسي مدني.